Rapat Kerja Nasional (RAKERNAS) FosSSEI tahun ini bertempat di Kota Gudeg, yakni Yogyakarta. Rangkaian kegiatan RAKERNAS ini dimulai dari tanggal 13-15 Oktober 2013 di Wisma Joyo-Kaliurang, Yogyakarta. Sesuai dengan Tema RAKERNAS FoSSEI 2013 "Akselerasi Pembumian Islam di Bidang Ekonomi melalui Kemandirian Keuangan, Penguatan Jaringan dan Keilmuan" FoSSEI Nasional mengambil tiga point penting yakni keuangan, jaringan dan keilmuan dalam merumuskan program kerja setahun kedepan bersama perwakilan FoSSEI dari seluruh penjuru Indonesia
Rangkaian kegiatan RAKERNAS ini diawali dengan briefing dari panitia dilanjutkan dengan kegiatan Pra-RAKERNAS oleh KaFoSSEI yang pada kesempatan kali ini Pak Iqbal dari MES Pusat dan Pak Mirwan dari Jogja berkesempatan mengisi briefing khusus untuk para Presidium Nasional, Departemen Nasional dan Kordinator Regional.
Acara pembukaan RAKERNAS didakan pada hari Sabtu, 14 September 2013 yang dibuka oleh Prof.Dr.H.Muhamad, M.Ag yakni Ketua STEI Yogyakarta. Kemudian dilanjutkan dengan FoSSEI Leader Forum oleh KaFoSSEI yakni Khrisna A, dan Mirwan Purnama dan arahan keorganisasian oleh Presnas I yakni Saudara Reza Muhammad. Dan dilanjutkan dengan rangkaian Rapat Kerja yang berlangsung sampai malam hari. Keesokan harinya diadakan acara tukar kado peserta RAKERNAS FoSSEI 2013, dilanjutkan pembacaan hasil RAKERNAS FoSSEI 2013 dan pelantikan Departemen Nasional dan Kordinator Regional FoSSEI 2013-2014. Agenda terakhir kegiatan RAKERNAS kali ini adalah Fieldtrip, 3 tempat akan dikunjungi oleh para peserta RAKERNAS yang diawali dengan kunjungan ke Sentra Usaha Bakpia Pathuk 25, disini para peserta bisa melihat langsung proses pembuatan Bakpia yaitu salah satu makanan khas dari kota Jogja ini. Dilanjutkan dengan kunjungan ke Benteng Vredeburg dan diakhiri jalan-jalan ke Malioboro.
Panitia FoSSEI Regional Jogja yang menjadi Official Committee acara tersebut berhasil mendatangkan lebih dari 200 kader FoSSEI dari seluruh wilayah yang ada di Indoensia yang terbagi menjadi 14 Regional yakni mulai dari regional Sumbagut, Sumbangteng, Sumbangsel, Banten, Jabodetabek, Jabar, Jateng, Jogja, Jatim, Sunda Kecil, Kalbar&Kalsel, Kaltim, Sulteng, Sulsel&Papua untuk mengikuti agenda RAKERNAS ini. Hal ini menjadi penting karena tercatat sebagai RAKERNAS dengan peserta terbanyak. Hal penting lainnya adalah RAKERNAS FoSSEI 2013 ini juga menjadi RAKERNAS pertama yang dipanitiai oleh 8 KSEI sekaligus yakni ForSEI UIN SUKA, FKEI UII, IESC UII, CIES UNY, FIES UMY, SEF UGM, AsSET STEI Yo, Relief Hamfara yang diketuai oleh Siti Nur Aminah dari KSEI AsSET STEI Yogyakarta dan terdiri dari 38 personil anggota panitia lainnya.